El Hospital de San Miguel fue el segundo nosocomio que hubo en Guadalajara, fundado entre los años de 1581 a 1589. Tomó ese nombre por que estuvo situado a un lado de la catedral vieja, dedicada a San Miguel Arcángel. Sor María Dolores de las Llagas, en su “Historia del Convento de Santa María de Gracia”, nos cuenta del sitio de este lugar : “…estaba en donde fue el dormitorio de nuestra enfermería, parte de nuestro convento ; y hoy es el zaguán y dos piezas del Liceo de Niñas que pasó al Gobierno Civil, cuando la ley de Nacionalización de Bienes Eclesiásticos”.
El hospital duró muy poco en ese lugar, pues resulta que las monjas de Santa María de Gracia, que en ese entonces tenía su convento en donde hoy se encuentra el Mercado Corona, solicitaron cambiar su terreno por el del hospital ; así que el hospital cambió e lugar donde hoy está el dicho mercado, durando en ese predio cerca de dos siglos.
El señor Mota y Escobar nos dice como era ese hospital a principios del siglo XVII : “Hay, además, un hospital donde se curan enfermos, fundado de bienes decimales de la catedral, cuya vocación es de San Miguel, sujeto al obispo y al cabildo ; su renta es un noveno y medio de diezmos conforme a erección, que monta a más de tres mil pesos ; curanse aquí enfermos de pulso, y admítase todo genero de gente ; tiene médico, botica, barbero y capellán con salarios del mismo hospital. Tiene más de veinte camas en día de hoy, y con ropa, y cinco negros y negras esclavos del hospital, que curan y sirven a los enfermos”. Arturo Chávez Hayhoe nos narra que : “En aquel tiempo (siglo XVII) el obispispado de Guadalajara era extenso, los diezmos cuantiosos, y por lo tanto las entradas al hospital muy capaces ; el subsidio dado era suficiente para cubrir muy ampliamente los gastos y aún sobraba algo que se empleó en socorrer a las necesidades de las monjas de Santa María de Gracia, y en ayudar a los jesuitas en su fundación y en algunas otras obras pías.
Poco tiempo duró esta Bonanza, pues en 1620 se erigió el obispado de la Nueva Vizcaya (Durango) segregándose del de Guadalajara, y los diezmos disminuyeron y la ayuda dada la hospital se redujo ; y a tal grado llegó la escasez y penuria que en 1647 proponía del obispo Colmenero al rey que “se refundieran los dos hospitales (el de San Miguel y el de la Santa Veracruz) para que de ambos se hiciera uno bueno”. La idea del prelado no se llevó a cabo y cada hospital siguió con su historia. Al paso del tiempo, el inmueble estaba ya en muy malas condiciones por no decir arruinado, así que “para remediar tanto mal y evitara el desastre y completa ruina se opto por traer a los religiosos beletmíticos…”.
El historiador Alberto Santoscoy nos dice que : “El Cabildo, Justicia y Regimiento de la nobilísima y muy leal ciudad en noviembre de 1701 se dirigió a la Audiencia, suplicándole que informara al Rey…fundaran casa y convento en dicha ciudad (Guadalajara), encargándosele y dejándosele al Hospital Real de San Miguel de ella, para que cuidasen y sirviesen…”. Fue hasta el 19 de septiembre de 1706, cuando se le dio a los betlemitas formal posesión del hospital ; con mucho trabajo y sacrificio los religiosos siguieron con la asistencia de los pacientes, notamos que a mediados del siglo XVIII ya “contaba con cinco enfermerías, dos para mujeres –las cuales eran cuidadas inmediatamente por personas de su sexo, que disfrutaban sueldo por ese trabajo-, y las salas restantes destinadas a hombres”.
Santoscoy nos informa que “habiendo habido una epidemia de sarampión el año de 1747, la cual hizo en la provincia muchos estragos aunque se aposentaron allí (en el hospital) ciento cincuenta pacientes, no fue sin que no quedara en ellas campos por donde andar, pues además de estar ocupadas todas las camas, entre lecho y lecho había hasta cuatro o cinco personas tumbadas en el suelo y en la medianía de las salas y en las crujías y pasadizos ; y hasta tuvo que providenciar al presidente D. Fermín de Echevers y Subiza, que no se recibiera ya por entonces en aquel asilo más enfermos”.
Durante los años de 1785 y 1786 el hambre y la peste atacaron a todo el país (a esta epidemia se le conoció como la bola), los hospitales de San Miguel y de la Santa Veracruz fueron insuficientes para atender al gran número de enfermos. Eran los tiempos del obispo Fray Antonio Alcalde. Mariano San José Diez apunta que : “Condolido profundamente Fr. Antonio Alcalde por tantos males causados por la peste de 1786 y más apenado por la falta de recursos sanitarios para evitarlos, pensó remediarlos con una generosidad admirable y propuso al Sr. Presidente de la Real Audiencia de Guadalajara, Sr. Sánchez Pareja, construir a sus expensas y sin perjuicios del real patronato un nuevo Hospital extramuros de la ciudad, más sólido y más amplio que el actual, capaz de alojar cómodamente mas de mil enfermos de ambos sexos. Terminada la construcción, el 3 de mayo de 1793, tuvo lugar la traslación del antiguo hospital al nuevo ; hospital que costó doscientos setenta y cinco mil setenta y ocho pesos, cantidad que pago en su totalidad Fr. Antonio Alcalde. Nosocomio que continúa funcionando actualmente, llamado Hospital Civil (viejo).