Nació en la Hacienda de la Purísima Concepción de Ciénega de Mata, municipio de Lagos de Moreno (Jalisco). Según consta en su acta bautismal en el Curato de Ojuelos, nació el 9 de junio de 1760. Siendo aún joven fue enviado a la ciudad de México para estudiar en el Antiguo Colegio de San Ildefonso donde se graduó con honores de Abogado, pues en ese tiempo no había escuelas superiores en la ciudad de Aguascalientes o en Santa María de los Lagos.
Entonces comenzó a sufrir más la discriminación de que eran objeto los criollos por parte de las autoridades de España, quienes, temerosas de que surgieran ánimos nacionalistas entre los nacidos en las colonias, reservaban los mejores trabajos, públicos y privados, a los nacidos en España, especialmente con las restricciones que se dieron por las reformas administrativas ordenadas por el rey Carlos III de España.
Dichas reformas restauraron el prestigio de España como potencia mundial, pero sus colonias fueron explotadas sin medida para lograr la ambiciosa meta. De fuera venían los hombres a regular los destinos del país: el gachupín, se decía, “viene a gobernar unos pueblos que no conoce, a manejar unos derechos que no ha estudiado, a imponerse en unas costumbres que no ha sabido, a tratar unas gentes que nunca ha visto”. Con el gran anhelo de cambiar ese orden de cosas, Francisco se esfuerza en estudiar leyes y comenzó a relacionarse con los principales personajes del Ayuntamiento de la ciudad de México, del que llegaría a ocupar el cargo de Síndico, uno de los más importantes del organismo.
A finales del siglo XVIII, las noticias sobre la independencia de las Trece Colonias británicas y el triunfo de la Revolución francesa formaban parte de las conversaciones cotidianas de los americanos, y Francisco, con la formación académica que tenía, no era ajeno a estos temas.
Siendo Síndico del Ayuntamiento de México, Verdad y Ramos señalaba que la soberanía reside esencialmente en el pueblo. Los peninsulares e inclusive la Inquisición lo calificaron como hereje de la doctrina.
En junio de 1808 llegaron a México las noticias procedentes de España sobre el motín de Aranjuez y las abdicaciones de Bayona, consecuencia de las Guerras Napoleónicas, por lo que la colonia se queda sin rey por el cautiverio de la familia real, y el licenciado Verdad propone al virrey José de Iturrigaray que convoque a los ayuntamientos de la Nueva España para formar un gobierno provisional basado en el pueblo, con el argumento de que a falta del monarca, la soberanía vuelve al pueblo. Esto resulta del rescate, por parte de los criollos, de la antigua legislación española en la que se hacía constar que en ausencia de la cabeza del Estado, la soberanía regresaría al pueblo a través de las Cortes.
El 19 de julio de 1808 este junto con el regidor Juan Francisco Azcárate y Lezama, le proponen al virrey que convocara a todos los Ayuntamientos de la Nueva España para formar un gobierno provisional apoyado en el pueblo y a no reconocer monarca alguno que no fuese de la estirpe real de los Borbones; pero este intento fracasa cuando un grupo de peninsulares toman el palacio virreinal el 15 de septiembre de 1808.
Tras la restauración de la familia real en España, Gabriel de Yermo hace caer a Iturrigaray e impone a Pedro Garibay como virrey, un militar conservador de más de ochenta años, fácil de manipular. Verdad es encerrado en las celdas del arzobispado de México, y amanece muerto el 4 de octubre de 1808. Se le encuentra ahorcado en un clavo, pero se supone que fue envenenado.
En 2008 el Congreso de Jalisco declaró a Francisco Primo de Verdad y Ramos como Benemérito en grado heroico por su labor en favor de la autonomía y la independencia de México. Su nombre se encuentra inscrito, en letras doradas, en la Rotonda de los Jaliscienses ilustres.
En el Centro Historico de la Ciudad de México existe una plaza con una estatua ubicada en uno de sus cuadrantes, en honor a Primo de Verdad, creador de las Juntas novohispanas.