Salvo una capilla anexa a San Sebastián de Analco, Hacia 1777 no había un templo dedicado a la virgen de Guadalupe en la ciudad de Guadalajara , por lo que Fray Antonio Alcalde inicio la construcción de el Templo Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe , conocido popularmente solamente como El Santuario. De estilo sencillo , carente de pretensiones , alberga una imagen de la Virgen que data de 1779,realizada por Don José de Alcíbar, coronada con una riquísima corona de oro..
El edificio es de estilo churrigueresco, cubierto con cantera amarilla proveniente de la Barranca de Huentitán. Soló en la portada se puede encontrar ornamentación, ésta es sencilla pero elegante con dos cuerpos; el primero flanqueado por pilastras almohadillas y en el segundo cuerpo está la ventana coral al centro. Remata el edificio con dos espadañas a manera de torre cuyo segundo cuerpo emata en pequeñas almenas.
En el interior del templo predomina el estilo neoclásico, resaltando los murales y las columnas que imitan al mármol. En su interior sobresalen sus dorados altares de tendencia neoclásica; 28 oleos con temas de la Virgen Maria, de los evangelistas y de los sumos pontífices, los cuales se encuentran enmarcados en altos relieves; unos en forma oval y otros en forma rectangular; así como dos órganos, uno de ellos tubular y monumental.
Ubicado sobre la avenida Alcalde entre Juan Alvarez y Hospital.